עין יעל הנה פנינת טבע ייחודית בנוף ירושלים – מעיין נובע,  טרסות חקלאיות, מאות עצים, פסיפס ארכיאולוגי נדיר,  שרידי וילה רומית ובתי מרחץ. מזה אלפי שנים מתקיים במקום מרחב חיים טבעי לצד העיר. עוד בתקופה הרומית בה נוסדה החווה שהיוותה עורף חקלאי לסוחרי ירושלים ולעולי הרגל בדרך נחל רפאים, ועד ימינו בו פועלים במקום מרחבי תרבות, אמנות, טיפול וחינוך בטבע. 

האתר פועל באמצעות עמותת עין יעל, ליצירת חיבורים בין אדם לאדמה, בין אדם לרוח ובין אדם לאדם, דרך ענפי פעילות ייחודיים בתחומי שחזור ולמידה חוויתית של מיומנויות התרבות החקלאית הקדומה, אמנות עכשווית תחת כיפת השמים וטיפול באוכלוסיות מיוחדות בטבע.

האתר הארכיאולוגי

בהרי ירושלים, בגדה הדרומית של נחל רפאים, במורדות שלוחה המשתפלת משכונת גילה לכיוון צפון, שוכנת החווה החקלאית העתיקה – "עין יעל". האזור עשיר במעיינות ושטחים נרחבים בו מכוסים במדרגות חקלאיות (טראסות) מעשה ידי אדם הבנויות מאבני שדה מקומיות. המדרגות החקלאיות שימשו לגידולים שונים לאורך ההיסטוריה, מזיתים ועד ורדים, וניזונו ממי גשמים וממי המעיינות. התוצרת החקלאית הטרייה והמגוונת סיפקה לאורך הדורות את צרכיהם של תושבי ירושלים והסביבה. סיפורה של עין יעל הינו בבואה לסיפור התיישבות האדם בהר, ובה פועל כיום מוזיאון ייחודי ששם לו למטרה לשמר ולשחזר את תרבותם החומרית והחקלאית של תושבי האזור בימי קדם בדרך של פעילות והתנסות אישית. 

האתר עין יעל, הנמצא כשישה ק"מ בלבד דרומית-מערבית לירושלים הקדומה, התפתח בזיקה למעיין הנובע בתחומו, למרגלות מצוק.  שם המעיין בערבית הוא 'עין יאלו' ומכאן שמו של האתר בעברית הוא 'עין יעל'. לאורך התקופות שימש האתר כחווה חקלאית אשר התבססה על מי המעיין לשתייה ולהשקיית חלקות השלחין. בכדי להגביר את ספיקת מי המעיין נחצבה בו נקבה באורך של 30 מטרים אל תוך ההר, כנראה כבר בימי בית ראשון. למרגלות האתר, לאורך תוואי הנחל, עברה דרך חשובה שחיברה בין מישור החוף לירושלים. לימים הוקמה בתוואי זה מסילת הרכבת העות'מאנית שעדין בשימוש ומחברת כיום בין ירושלים לבית שמש. 

בחפירות ארכיאולוגיות שנערכו במקום בשנים 1990-1982 ע"י גרשון אדלשטיין ז"ל, ובשנים 2006, 2008 ע"י דוד עמית ז"ל, התגלו ממצאים חשובים המשקפים יפה את התפתחותו של האתר, ובמובן מסוים של האזור כולו, למן התקופה הכנענית ועד התקופה העות'מאנית. מימי בית ראשון התגלו במקום שרידי מבנה, חרסים, כלי עבודה מאבן וכן טביעת חותם 'למלך' וטביעה של חותם אישי ובה אותיות עבריות. מימי בית שני התגלו במקום חרסים, כלי אבן 'יהודיים' ומטבעות. מן התקופה הביזנטית התגלו שרידי מבנה ששימש אולי ככנסייה או מנזר, מן התקופה המוסלמית הקדומה התגלה בית אחוזה ובית בד, ומן התקופה העות'מאנית בריכות אגירה ותעלות מים. אולם השרידים הבולטים והמרשימים ביותר במקום אלו הם שרידי וילה רומית כפרית מפוארת מסוף המאה השנייה – אמצע המאה השלישית לסה"נ המשתרעת על פני שלוש מדרגות חקלאיות שמשתפלות מן המעיין לכיוון ערוץ הנחל. הווילה כוללת בית מגורים במדרגה העליונה ושני בתי מרחץ במדרגות התיכונה והתחתונה. בית המגורים היה מעוטר ברצפות פסיפס ובציורי קיר, מהם נשתמרו פסיפסי חדר המבוא, הטרקלין והחדר המערבי. בפסיפס חדר המבוא מתוארות ארבע דמויות גבריות המייצגות את עונות השנה וביניהן מתוארת סצנה בה סטיר שוזר פרחים על סרט ותחתיו כתובת הקדשה ביוונית לדמטר – אלת התבואה. בפסיפס הטרקלין, הערוך בצורת האות T, מופיעים תיאורים ימיים מגוונים הכוללים את אלת הים טתיס, ראש מדוזה, תהלוכה ימית, דגים, ברווזים, וקופידונים רכובים על דולפינים. במרכז הפסיפס נתגלה לוח שיש ששימש כבסיס למזרקה. בפסיפס החדר המערבי מתוארות ציפורים, חיות טרף ומסכות תיאטרון סביב מדליון מרכזי בו שרדו מצח וכתר של דמות נשית שטרם זוהתה. מבית המגורים ניתן לרדת היישר אל בית המרחץ שבמדרגה התיכונה ממנו נשתמרו מן המסד ועד הטפחות חדר הפושרים (טפידריום) המקורה בכיפה, וחדר החמים (קלדריום) המקורה בקמרון חבית. לצד בית המרחץ נשתמרה חצר של בית בד מרוצפת אבן מהתקופה המוסלמית הקדומה. מצפון לחצר בית הבד נמצא בית המרחץ שבמדרגה התחתונה אשר היה גדול ומפואר יותר מזה שבמדרגה התיכונה וכלל לפחות ארבעה חדרים, מהם נחשפו במלואם חדר החמים (קלדריום) המרוצף בלבני חרס, והחדר העגול, ששימש כחדר הזעה (לקוניקום), המעוטר ברצפת פסיפס ובציורי קיר. במרכז הפסיפס מופיע מגן-דוד, או בשמו ההנדסי הקסגרמה, שהיה מוטיב עיטורי מקובל בעולם הרומי עוד בטרם נקשר ליהדות. בעת החפירות באתר נתגלו גם שברי כלי חרס וכלי זכוכית, רעפים ובהם טביעות חותם של הלגיון העשירי, מטבעות ועוד. על חלק מן הרצפות נתגלו גושי סלע גדולים שניתקו מן ההר המעידים על כך שהווילה נהרסה כתוצאה מרעש אדמה שפקד את המקום.

הווילה בעין יעל היתה חלק ממערך יישובי בעל אופי רומי מובהק ואקסקלוסיבי בפריפריה החקלאית שמדרום לירושלים, עמו נמנים גם האתרים בעין אל-חניה, בעין יעל שבגדה הצפונית של הנחל, בגבעת הארבעה, ברמת רחל ועוד, והדעת נותנת, כך לפי גרשון אדלשטיין, כי באזור עשויות להתגלות אחוזות נוספות.